Смотрите, если Вы планируете взять машину в Берлине напрокат, то этот маршрут будет минимум 4 тыс км. Расходы будут зависеть от времени проката, допустим 10 дней, возможны разные варианты, думаю от 300-350 евро как минимум. По собственному опыту, на такой маршрут Вы минимум потратите примерно 300 л бензина (дизель дешевле и расход меньше) в среднем х1,3 евро/л около 400 евро. Полагаю это будет, что называется, базовая сумма расходов. Плюс расходы на платные дороги в Чехии, Австрии, Франции...
Про ЖД ничего не скажу, не имею информации. Советую поискать и узнать самостоятельно.
Опять же по опыту: одному/одной дешевле на общественном транспорте, вдвоем уже почти близкие расходы, но значительно больше комфорта - не надо подстраиваться под расписание, пересадки и т.д. Втроем-вчетвером - есть шанс получить экономию по сравнению с ЖД или автобусами.
Так что Вам решать.
Удачной поездки!