Какие авиакомпании? 1,5 часа на аэропорт Гонконга очень мало. Обратитесь в авиакомпанию- перевозчик, чтобы в брони ремарку внесли о дальнейшем трансфере, хотя это мало поможет, но компания будет видеть, что вы трансфером и каким рейсом. Разные билеты, это уже не трансфер.
Насчет регистрации онлайн. С одной стороны, это может помочь, потому что регистрация на рейс заканчивается за 40 минут, а у вас до окончания регистрации всего 50 минут с момента посадки и это если не будет задержки рейса. С другой стороны, если вы зарегистрируетесь онлайн и ваш первый рейс опоздает, то у вас будет "ноу шоу" на следующий рейс, а это потеря всех денег за билет. В любом случае, в обе компании обратитесь, чтобы внесли ремарку.
Билеты онлайн покупали или в агентстве? Может быть разные билеты, но бронирование одно, тогда волноваться не надо.